Apocalypse est un mutant apparemment immortel (ses origines remontent au temps des pharaons), obsédé par la théorie de Darwin et qui pense que seuls les plus forts doivent survivre. Il aurait vécu il y a plusieurs milliers d'années, même s'il a passé la majeure partie d'entre elles dans un état d'hibernation. Il est un puissant ennemi des X-Men, et en particulier de Cable et de X-Man. Dans ses plans, il fait souvent usage de haute technologie, comme transformer Angel en l'un de ses Quatre Cavaliers équipé d'ailes mécaniques ou infecter le fils de Cyclope avec un « virus techno-organique ».
La rumeur voulait qu'Apocalypse soit un Externel. Les Externels sont des mutants immortels. Mais cela n'a pas été prouvé, et Séléné a dit le contraire.
Apocalypse se réveille le jour où Cable arrive dans le présent, mais il reste caché. On sait juste qu'il transforme Moses Magnum en être super-puissant. Il connaît plusieurs conflits avec les premiers X-Men, connus alors sous le nom de Facteur-X. Il forme ses serviteurs : l'Alliance du Mal et les Cavaliers.
Quand Angel perd ses ailes, Apocalypse lui propose de lui en faire de nouvelles. Warren accepte et devient Archangel, le cavalier de la Mort. Il se rebelle un peu plus tard et Facteur-X chasse Apocalypse. Ce dernier abandonne alors son vaisseau, qui servira de quartier général à l'équipe mutante.
Plus tard, Apocalypse infecte Nathan, le fils de Cyclope, avec un virus techno-organique dérivé de la technologie alien qui l'avait transformé dans le passé. Nathan est envoyé dans le futur pour être sauvé par les Askani, où il devient le guerrier Cable.
Apocalypse affronte encore une fois les X-Men, X-Force et Facteur-X, quand le clone de Cable, Stryfe voyage dans le présent pour assassiner le Professeur Xavier, en faisant accuser son modèle. À la fin de l'aventure, sur sa base lunaire, les Dark riders se retournent contre leur maître. Apocalypse est laissé pour mort par Archangel.
On ne sait pas comment il réussit à survivre. Mais son pouvoir de robotisation semble en être la clef, car il s'équipe par la suite de puissantes armures de combat.
Apocalypse recrute l’incroyable Hulk pour en faire son Cavalier Guerre, bien que la volonté indomptable du titan vert lui permit de dépasser sa programmation et d'échapper à l’asservissement d’Apocalypse.
Il réapparaît une fois, pour faire de Wolverine ou de Dents de Sabre un de ses nouveaux Cavaliers. C'est Wolverine qui gagne l'affrontement, et Apocalypse lui greffe l'adamantium repris à Dents de Sabre. Puis Wolverine parvient à se libérer de son emprise.
Grâce aux technologies extraterrestres, Apocalypse a pu accroître les pouvoirs qu'il possédait déjà en tant que mutant. Cela lui a également permis d'obtenir des capacités supplémentaires, qui ne sont liées qu'aux connaissances des civilisations dont il a acquis le savoir. Cet ensemble en fait l'un des mutants les plus puissants de la Terre.
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Lors de l'émergence de sa mutation, il devint quasiment immortel, résistant aux ravages du temps et aux blessures.
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Il est capable d'altérer sa structure cellulaire grâce à la bio-armure qu'il porte en permanence.
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Il est capable de léviter en utilisant la télékinésie.
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Quand il fut amélioré par les machines des Célestes, ses capacités physiques s'accrurent ; sa force et son endurance sont désormais surhumaines.
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Même gravement blessé, il peut guérir en se plongeant dans un état comateux, où il peut récupérer grâce à l'aide de machines d'origine extraterrestre.
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Il est capable de projeter des rayons d'énergie, et on l'a déjà vu se téléporter, avec d'autres personnes. Mais on ne sait pas si c'est propre à sa mutation, son évolution, ou un simple appareil technologique.
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Apocalypse possède des connaissances concernant certaines technologies et en biologie, notamment en génétique, bien supérieures à l'état d'avancement des sciences de l'humanité.