Elektra Natchios est la fille d'un ambassadeur grec, Hugo Natchios. Sa mère Christina lui donne naissance prématurément, car elle venait de se faire tirer dessus par des hommes dans un hélicoptère. Ces tueurs avaient été engagés par son propre fils, Oreste, honteux que sa mère trompe Hugo. Ce dernier fut blessé dans l'attaque, et Oreste fugua. Hugo éleva sa fille avec amour, et Oreste garda un œil discret sur sa sœur. Victime d'une tentative d'enlèvement, Elektra reçut des cours d'auto-défense.
Une autre version raconte que la mère d'Elektra était en visite à la clinique lors de son huitième mois, quand un terroriste fit irruption et la prit en otage. Elle parvint à le vaincre mais reçut une balle dans la mêlée. Elektra est née dans le sang rouge de sa mère mourante.
Quand Hugo Natchios fut nommé ambassadeur à New York, Elektra le suivit et prit des cours à l'université de Columbia. Elle y rencontra Matt Murdock, et ils sortirent ensemble. Un an plus tard, Elektra et son père furent capturés par des terroristes. Daredevil intervint et un des tueurs tomba par la fenêtre. La police ouvrit le feu, et Hugo fut touché par plusieurs balles et mourut sous les yeux de sa fille.
Elektra perdit l'espoir. Elle quitta ses études et reprit ses cours d'arts martiaux. Stick, un sensei, la prit sous son aile. Rejetée par Stick, elle tenta de gagner ses faveurs en infiltrant la secte ninja connue sous le nom de la Main mais fut finalement corrompue par celle-ci. Elle se libéra plus tard de leur emprise. Elle revit Matt Murdock et le combattit quand elle apprit qu'il était Daredevil. Mais grâce à l'amour, ils s'allièrent contre La Main.
Elle devint par la suite tueuse pour le compte du Caïd, qui la chargea de tuer l'associé de Matt Murdock, Foggy Nelson. Quand Foggy la reconnut, elle ne put se résoudre à le tuer. Le Caïd voulut se débarrasser d'elle et Bullseye la tua avec l'un de ses propres sais. Elle mourut dans les bras de Daredevil.
Plus tard, la Main vola son corps pour la faire revenir à la vie. Daredevil affronta la secte ninja, avec l'aide de Stone. Ce dernier disparut avec le corps d'Elektra, purifiée. Des années plus tard, on apprit que Stone l'avait ressuscitée. Elle reprit sa carrière et croisa plusieurs fois la route de Wolverine.
Elle a par la suite travaillé avec le SHIELD, attaquée de part et d'autre par HYDRA et la Main, qui l'avait ressuscitée après un combat.
Dotée de nouvelles capacités, elle reprit le contrôle et s'allia à un Wolverine amnésique pour vaincre Gorgone, le nouveau leader de la Main.
Après Civil War, Elektra finit par diriger elle-même la Main. Elle tue Maya Lopez (Echo) avant de la ressusciter et de lui faire subir un lavage de cerveau pour l'enrôler dans son organisation. Les Vengeurs dissidents au recensement affrontèrent Elektra en venant chercher Maya, et finissent par faire retrouver la mémoire à cette dernière. Elle se retourne contre Elektra et finit par l'empaler. Après sa mort, le corps d'Elektra reprit sa vraie forme : celle d'un Skrull. Cela ouvre le nouveau grand crossover, Secret Invasion.
La vraie Elektra Natchios revient sur Terre avec les autres prisonniers des Skrulls à la fin de Secret Invasion ; elle est alors faite prisonnière par Iron Man, désormais à la tête du SHIELD.
Plus tard, Norman Osborn dissout le SHIELD et le remplace par le HAMMER. Il ordonne que des expérimentations soient menées sur Elektra pour obtenir des informations sur la date de sa capture et sa détention. Elle s'échappe, et affronte Bullseye, envoyé par Norman Osborn. Elle survit à l'affrontement grâce à l'arrivée inopinée de Wolverine. Après qu'elle a éliminé un agent du HAMMER qui avait mis sa tête à prix, l'ex-Bouffon Vert la prévient qu'il ne peut la laisser en vie.
Même si Elektra possède plusieurs super-pouvoirs, elle est surtout connue pour être une athlète de classe olympique et une combattante hors pair. Ses principales capacités sont une solide connaissance des arts martiaux et de l'armement. Formée par les plus grands maîtres en arts martiaux, elle est devenue une kunoichi (ninja) et une tueuse professionnelle.
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Elektra est une athlète de niveau olympique, experte en gymnastique et en natation et possédant des capacités exceptionnelles en force, vitesse, endurance, agilité, dextérité, réflexes, coordination et équilibre. Elle est résistante à la douleur ainsi qu'à la chaleur et au froid extrêmes.
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Elle a appris les arts martiaux anciens de la Chine, du Siam et du Japon. Elle maîtrise de nombreuses formes de combat japonais, notamment le ninjutsu.
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Elle est une combattante émérite avec le sai d'Okinawa, son arme favorite habituelle. Elle est également très habile au katana, avec des poignards, au bâton à trois sections (Sansetsukon), avec des shurikens, ainsi qu'avec les armes à feu.
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Elle possède la capacité d'hypnotiser les autres, et peut leur faire voir des illusions ou d'autres phénomènes. Elle a également la capacité de « jeter » son esprit dans ceux des autres. Par exemple, elle était capable de traquer son ennemi, Ken Wind, en « empruntant temporairement » l'esprit des gens et en agissant à travers eux pendant qu'elle le chassait. Ce contrôle mental temporaire lui permet de « renifler » métaphoriquement la psyché, ou l'intention de ses cibles. Ce pouvoir a été utilisé de façon étendue pendant Elektra: Assassin, dans lequel elle dépendait fortement de ses pouvoirs de ninja.
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Elle est également capable de se cacher dans les ombres et de se déplacer avec une telle vitesse qu'elle peut rester invisible, même en plein jour.
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Elektra a montré qu'elle possédait des capacités télépathiques de bas niveau. Elle peut communiquer par télépathie avec des individus possédant des niveaux similaires de discipline mentale, tels ceux du groupe des Chastes. Elektra a maîtrisé cette capacité pendant sa formation avec La Main, qui la lie mentalement à The Beast, le demi-dieu de La Main.