Hydra a failli dominer le monde plusieurs fois. Ce groupe semblable à une secte se fait connaître en tentant d'enlever le directeur du S.H.I.E.L.D., Nick Fury. Si cette cellule échoue, elle n'est pas vaincue: 'Coupez-lui la tête et deux autres prendront sa place".

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L'uniforme des agents de l'HYDRA est vert orné d'un H jaune ; ils furent masqués pour être indifférenciés puisque le groupe prévaut sur l'individu. Leur chef est appelé « Hydra Suprême ».

Les plus vielles traces de son existence remontent à la troisième dynastie de l'Égypte ancienne. 

L'origine de l'HYDRA remonte à un ordre secret crée il y a plus de 5 000 ans dans le but de rechercher l'immortalité.

Hydra se fait remarquer en travaillant avec les forces de l'Axe durant la Seconde Guerre Mondiale, se déplaçant ensuite en Extrême-Orient quand le Baron Wolfgang von Strucker prend le pouvoir.

Adolf Hitler voulut l'exécuter en exemple, mais son bras droit d'alors, Crâne Rouge le sauva et le mit à l'abri dans une base de l'Est d'où il créa l'organisation.

Il coupa les ponts avec Crâne Rouge et fuit le pays, devenant le premier Hydra Suprême. À la tête d'une petite armée et d'une équipe de scientifiques (les futurs A.I.M), il s'établit sur une île du Pacifique. Il était à deux doigts d'acquérir un arsenal nucléaire quand un commando US/Japon détruisit la base.

Vers la fin de la guerre, Von Strucker rebâtit une base avec l'aide des meilleurs S.S. en fuite et vit son travail comme l'héritage du troisième Reich. Il établit son QG aux États-Unis et développa l'HYDRA partout dans le monde. Il prit l'identité secrète du Grand Impérator et délégua son pouvoir à un comité.

Après la guerre, l'organisation survit dans l'ombre.

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Hydra est connue pour exercer une influence occulte sur le monde politique et la sphère militaire, ainsi que le révèlent Nick Fury et ses Secret Warriors, qui mettent au jour l'infiltration du S.H.I.E.L.D. et du gouvernement.

Mais Hydra ne se contente pas d'espionnage. Le groupe a également donné naissance à des dissidences, qu'il s'agisse de l'organisation scientifique A.I.M. (Atelier d'Investigations Métascientifiques), du réseau appelé Empire Secret ou du Cercle intérieur de groupuscule de von Strucker, connu sous le nom d'EUX, sans compter les différentes compagnies pharmaceutiques et bancaires qu'elle contrôle.

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Le saviez-vous ? Otto Vermis directeur d'Hydra, a fait un lavage de cerveau à Jessica Drew pour que, sous le nom d'Arachné, elle tente d'assassiner Nick Fury.

Quand elle comprit la vraie nature de l'organisation, elle la quitta et devint une justicière costumée sous le nom de Spider-Woman.

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