Durant la Guerre Civile, l'équipe des Thunderbolts est créée sous l'initiative de Red Richards. Elle est chargée de pourchasser les héros ne se pliant pas à la loi de recensement qui vient d'être promulguée. Le Pitre et Jack O'Lantern sont tués par le Punisher, alors qu'ils pourchassaient Spider-Man qui venait de quitter le groupe des partisans de la loi, dirigé par Iron Man.

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C'est Norman Osborn, le Bouffon Vert, criminel amnistié, qui dirigea l'équipe devenue agence gouvernementale, comprenant :​

• Venom (Mac Gargan, anciennement Scorpion)

• Bullseye (utilisé en dernier recours)

• Hulk Rouge

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Leur travail consiste à appréhender les surhumains qui refusent de s'enregistrer auprès du comité des affaires surhumaines. Leur base d'opération est la Montagne des Thunderbolts, un immense complexe dans lequel se trouve leur vaisseau, le Zeus, et plusieurs T-Wagons, qui parfois accompagnent le groupe pour transporter des prisonniers.

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Norman Osborn utilisa cette équipe pour gagner les faveurs du président des États-Unis, lors d'un voyage en avion, faisant croire à une attaque terroriste. Puis, il les envoya tuer Deadpool (qui lui avait par mégarde donné les informations permettant de neutraliser la reine Skrull), mais cette mission échoua.

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À la fin du "Règne Sombre" de Norman Osborn, Steve Rogers reprit le poste de Directeur de la Sécurité Nationale. Il plaça U.S. Agent et Luke Cage en tant que superviseurs du Raft et autorisa une nouvelle équipe de Thunderbolts (super-vilains contrôlés par des nanites et sanctionnés par le gouvernement). Avec à sa tête Luke Cage.

Cette équipe était composée par :

• Le Fléau

• La Veuve Noire (Yelena Belova)

• L'Homme-Fourmi (Eric O'Grady)

• Les Défenders

• Le Soldat de l'Hiver

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Après la Guerre du Phénix opposant Vengeurs contre X-Men, une nouvelle équipe, sans aucune relation avec les anciennes, fut initiée par le Général 'Thunderbolt' Ross. Son but est de se débarrasser de gouvernements corrompus et de tyrans à l'échelle mondiale (à l'instar de l'équipe X-Force de Wolverine). Pour se faire, il copia quelque peu l'équipe Code Rouge et recruta quelques uns des meilleurs assassins de la planète :

• Le Punisher

• le mercenaire psychopathe Deadpool

• Elektra

• l'agent spécial Venom

• Ghost Rider

• Oeil-de-Faucon

• Spider-Man

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Ensemble, ils acceptèrent le marché de Ross : chacun à son tour serait aidé par les autres pour une mission.

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