Pendant le procès de Magnéto , le professeur X a été grièvement blessé et est décédé dans les bras de Magnéto. Le professeur X a demandé à Magneto de prendre sa place de directeur de l'école de Xavier. Le Professeur X a ensuite été transporté à bord d'un navire Shi'ar avec Lilandra où la technologie médicale de ce dernier pourrait sauver le Professeur. Le vaisseau shi'ar devait retourner dans sa propre galaxie sans date définitive pour le retour du professeur. Au cours de cette période, Jean Grey s'est révélé vivant et n'avait jamais été le Phénix . Le Jean Grey qui est devenu le Phoenix et est mort sur la lune était un clone créé par Phoenix Force .

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Après le procès de Magneto, Cyclope a été contraint de renoncer à son rôle de chef d’équipe des X-Men au profit de Storm . Malgré la naissance de son fils, Nathan Summers , la méfiance de Cyclope et les doutes concernant Magneto l'ont distrait de ses responsabilités personnelles. Quand le reste des X-Men d'origine a appris l'existence de Magnéto en tant que directeur de l'école de Xavier, les cinq se sont finalement réunis pour se rencontrer, particulièrement impatients de voir Jean Grey en vie.

Ils ne faisaient pas confiance à Magneto pour diriger les X-Men et avaient des doutes sur son histoire concernant le sort du professeur X, qui pourrait être mort. Comme ils se méfiaient de leur ancien ennemi juré, ils ont créé un groupe composé des X-Men originaux. Warren Worthington a utilisé sa société pour créer le groupe X-Factor , où ils se sont présentés comme des humains chassant les mutants à la demande de son ami de longue date, Cameron Hodge . Ils ont également posé en tant que mutants détestant les humains sous le pseudonyme X-terminators .

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Au cours de l'un de leurs premiers combats, ils sont entrés en conflit avec Apocalypse et sa bande de hors-la-loi mutants. Ils faisaient partie des équipes combattant les Maraudeurs lors du massacre de Mutant dans les tunnels de Morlock ; c'est à cette époque qu'Angel s'est sacrifié pour sauver un certain nombre de mutants et a fini par perdre ses ailes. Extrêmement déprimé par la perte, Warren s'est échappé de l'hôpital et a tenté de se suicider, mais a été sauvé à la dernière minute par Apocalypse afin de devenir le Cavalier de la Mort (un ange avec des ailes métalliques).

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Par la suite, les membres originaux de X-Factor ont finalement rejoint les X-Men après le retour du professeur X de l'espace.

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Une agence gouvernementale américaine dirigée par Havok prit plus tard le nom de X-Factor. Cette nouvelle équipe était composée de Polaris , Wolfsbane , Strong Guy , Multiple Man ,Quicksilver et de leur manutentionnaire gouvernemental, Valerie Cooper .

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L'équipe traverse de nombreux changements au fil des ans. Havok est kidnappé et soumis à un lavage de cerveau pendant un moment et même une fois brisé, il reste avec la Confrérie. Strong Guy a une crise cardiaque et Wolfsbane quitte l'équipe. Polaris traverse une période sombre de sa vie et de ses relations. Les membres les plus récents sont Forge , Wildchild , Mystique , Sabretooth , Shard (la sœur holographique de Bishop ), ainsi que les réfugiés XSE Archer, Fixx et Greystone .

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