Les plus grands super-héros du monde, menés par Superman, Batman, Green Lantern, Wonder Woman, Martian Manhunter, Flash et Hawkgirl collaborent avec le soutien de leurs amis pour lutter plus efficacement contre la criminalité grandissante et les nouvelles menaces d'invasions extra-terrestres. Gardiens de la justice, ils sont le dernier rempart pour déjouer les conspirations les plus machiavéliques.

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Dans les comics, les 2 premières saisons relatent les histoires des 7 membres fondateurs de la Ligue des Justiciers. Les épisodes sont divisés en 2 ou 3 parties et sont d'une riche qualité, de par les graphismes et le scénario "mature" avec l'aide de Bruce Timm.

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Quand le premier épisode de la saison 3 commence, Superman s’adresse à une assemblée impressionnante de super héros. Lui et le reste de la Ligue des Justiciers, qui, dans le passé, a inclus Flash, Green Lantern, Batman, Superman, Wonder Woman, Martian Manhunter (J’onn Jonzz) et Hawkgirl, se sont rendu compte que l’univers pourrait mieux être servi en agrandissant le groupe, en étant plus actifs et en coordonnant mieux leurs actions. Tous ces super héros sont réunis à bord de la tour de guet dans la station spatiale orbitale.

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J’onn Jonzz continue de veiller à travers les galaxies et affecte des équipes de super héros aux problèmes d’attirail. Mais ce n’est pas toujours sans ennuis pour les membres de la Ligue actuelle car si les super héros travaillent habituellement seuls et sont puissants, ils ont tous des personnalités différentes, ainsi les conflits surgissent inévitablement. Mais dans le cas de la nouvelle Ligue des Justiciers, ces super héros traitent des guerres civiles, combattent des criminels et des monstres, ainsi ils doivent apprendre à travailler ensemble. La nouvelle Ligue inclut certains des super héros les plus célèbres, tels que Green Arrow, Supergirl, Captain Atom Black Canary et Aquaman. D'autres membres peuvent être un peu plus obscurs comme Hawk et Dove qui sont des frères avec des « techniques » de résolution de conflit très différentes.

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Dans le film, alimenté par sa foi restaurée en l’humanité et inspiré par l’acte désintéressé de Superman, Batman constate l'arrivée d'éclaireurs extraterrestres — appelés "Paradémons" et attirés par la peur de leurs victimes — et comprend que l'attaque majeure prophétisée par Lex Luthor (dans le film Batman v Superman : L'Aube de la justice) est imminente, or Superman est mort et ne peut plus protéger l'humanité. Conscient de ses propres limites, il contacte Diana Prince/Wonder Woman et tente de former avec elle une ligue de super-héros. Il part retrouver Arthur Curry, dit Aquaman, qui habite à Atlantis, tandis que Diana va approcher Victor Stone (Cyborg), devenu à moitié machine après un accident et capable d'influer sur les technologies, mais les deux hommes refusent de les aider.

Barry Allen (Flash), jeune homme doté de super-vitesse, accepte avec enthousiasme l'offre de Bruce Wayne.

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L'attaque vient de Steppenwolf, lieutenant de Darkseid et ancien ennemi des trois peuples de la Terre : les Amazones (dont fait partie Wonder Woman), les Atlantes (peuple des Océans auquel appartient Aquaman) et les humains. Steppenwolf a été repoussé il y a plusieurs milliers d'années par une alliance exceptionnelle des trois peuples et de ses alliés venu des recoins de l'espace. Trois « Boîtes-mères » (artefacts de forme cubique) qui, réunies, lui donneraient le pouvoir de dévaster et prendre le contrôle du monde, ont alors été dispersées parmi les trois peuples. Rappelé par la Boîte-mère détenue par les Amazones, il récupère celle-ci, ainsi que celle des Atlantes, mais peine à retrouver celle des humains, enterrée en secret pour que personne ne soit tenté de l'utiliser.

 

Ses Paradémons traquent alors tous les humains ayant été en contact avec la Boîte-mère et les rassemblent dans les égouts de Gotham. Le commissaire James Gordon informe Batman de ces disparitions, qui part avec Wonder Woman et Flash les sauver, rejoints par Cyborg dont le père a été enlevé. Ils parviennent à libérer les captifs mais Steppenwolf, dans sa fuite, provoque la destruction du tunnel séparant les égouts des eaux du port de Gotham ; Aquaman intervient à temps pour empêcher l'inondation et rejoindre la Ligue, à présent qu'Atlantis a perdu sa Boîte-mère. Bruce Wayne ressent les effets du vieillissement et Wonder Woman est amenée à assumer de plus en plus un rôle de chef.

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La Boîte-mère des humains a été utilisée par Silas Stone, le père de Victor (Cyborg), pour assurer la survie de celui-ci après son accident. Sur l'initiative de Batman, les super-héros décident d'utiliser eux-mêmes son pouvoir associé à la technologie kryptonienne afin de ressusciter Superman, de même que Lex Luthor avait redonné vie au corps du général Zod après sa mort. Une source d'énergie étant nécessaire pour faire fonctionner la Boîte-mère, Flash propose alors d'utiliser son pouvoir pour produire un éclair avec une charge suffisante pour alimenter la machine. Wonder Woman est réticente mais accepte d'aider à contenir Superman si les événements tournent mal.

 

La manœuvre fonctionne, Superman est de retour parmi les vivants, mais complètement déboussolé et désorienté. La ligue arrive alors sur le lieu où se trouvait le monument de Superman et constate le succès de l'opération, mais Cyborg ne contrôle pas son système d'auto-défense et tire un missile à proximité de Superman qui, lui, utilise sa vision à rayon X. Voyant cet acte comme une menace, le Kryptonien engage un combat face à la ligue qu'il domine largement. Superman s'en prend notamment à Batman, qui ne doit son salut qu'à son plan B, la venue de Lois Lane, la seule personne réellement en mesure de lui faire retrouver ses esprits. D'abord hostile et confus, Clark Kent reprend finalement ses esprits, tout en restant convalescent. Il part avec Lois à Smallville, retrouver les terres de son enfance afin de rétablir pour de bon.

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Steppenwolf profite des événements pour s'emparer de la Boîte-mère et la réunit aux deux premières dans la tour aéroréfrigérante d'une centrale nucléaire désaffectée dans le nord de la Russie, ce qui déclenche le processus de térraformation de la planète. Les super-héros viennent l'affronter et le combat, longtemps incertain, est tranché par l'arrivée de Superman. Celui-ci est largement plus fort que Steppenwolf, détruisant notamment sa hache, et réussit ainsi à instiller la peur dans son esprit ; le lieutenant de Darkseid est alors attaqué par ses propres créatures et se voit contraint de fuir à nouveau sur Apokolis.

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Le combat a marqué la naissance de la Ligue et Bruce Wayne commence à faire restaurer le manoir Wayne pour en faire le quartier général pour les réunions des super-héros. Barry Allen annonce à son père qu'il a trouvé un poste de technicien scientifique à la police de Central City ; Clark Kent reprend sa tâche de justicier à Metropolis ; Aquaman retourne à Atlantis et Wonder Woman continue de faire régner la justice en arrêtant des malfrats.

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Scènes post-générique :

Pendant le générique de fin, Barry Allen et Superman décident de faire une course pour savoir qui est le plus rapide ; on ne connaîtra pas le résultat.

En fin de générique, Lex Luthor s'échappe de prison et recrute Deathstroke pour l'aider à former une ligue de super-vilains capable de contrer la Ligue des Justiciers.