Le SHIELD fut créé par Howard Stark à la fin de la Seconde Guerre mondiale pour remplacer la Section Scientifique de Réserve, au départ comme une simple agence de contre-espionnage pour maintenir la paix, mais il abandonna le projet car le gouvernement américain n'était pas convaincu. Pourtant, un comité des Nations unies ressortit le projet du placard discrètement pour lutter en particulier contre l'organisation nazi Hydra.

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L'agence gouvernementale S.H.I.E.L.D. se charge des menaces trop extraordinaires pour les autres structures de maintien de la loi. Mais ses plus grands ennemis se trouvent bien souvent dans ses propres rangs.

Son premier directeur est Rick Stoner, mais il succombe à un attentat perpétré par Hydra, et il est remplacé par le colonel Nicholas Fury.

Chaque directeur répond devant un conseil exécutif composé de douze personnes dont l'identité n'est pas connue. Sous le directeur se trouvent sept autres officiers de haut rang, à qui des milliers d'autres font des rapports.

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En tant que directeur, Fury s'entoure de personnes de confiance avec qui il a combattu durant la guerre. Le promier d'entre eux, "Dum-Dum" Dugan, est son bras droit. L'agence déploie un grand nombre de véhicules dernier cri, tels que l'Héliporteur, un porte-avion volant servant de quartier général. Outre cette flotte futuriste, le S.H.I.E.L.D. utilise des gadgets d'espionnage, parmis lesquels un appareil générant une invincibilité temporaire ou un dispositif effaçant les deux dernières heures de souvenirs dans l'esprit de quelqu'un. L'homme derrière ces inventions merveilleuses est Sidney Levine, plus connu sous le surnom du "Gaffer".

Sa création la plus brillante est le Leurre Mécanique pour Doublure, ou LMD. Utilisant des technologies dont les premières versions remontent à la Renaissance, il parvient à construire des robots capables d'imiter à la perfection les êtres humais. Leur crédibilité est démontrée lorsque Hydra tente d'assassiner Fury et abat un LMD à la place. Mais cette technologie se retourne contre l'agence quand un LMD du frère de Fury, Jake, devient le super-vilain Scorpio.

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La nature secrète du S.H.I.E.L.D., ainsi que son influence, en fond la cible privilégiée de toute tentative d'infiltration. Nick Fury découvre un réseau corrompu au sein de l'organisation, remontant même jusqu'au conseil, et doit se retourner contre l'agence afin de débusquer les traîtres et déterminer en qui il peut avoir confiance.

Fury a pour habitude d'ignorer le protocole s'il estime que la fin justifie les moyens. Il va notamment trop loin en organisant un groupe clandestin ayant pour mission d'assassiner la première ministre corrompue de Latvérie, Lucia von Bardas.

Il est remplacé par Maria Hill, elle-même sélectionnée pour la méfiance qu'elle entretient envers les héros costumés, mais aussi parce qu'elle n'appartient pas au cercle d'amis de Fury. Elle supervise une période durant laquelle le S.H.I.E.L.D. contribue à rattraper les héros refusant de se plier à la loi de recensement des surhumaines.

Le règne de Hill est suivi par l'arrivée de deux étonnants directeurs, Tony Stark puis Norman Osborn, ce dernier démantelant l'organisation en faveur de sa propre milice, qu'il baptise H.A.M.M.E.R.

Lorsque Osborn est destitué, Hill retrouve son poste.

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Découvrez, ci-dessous, les trois personnages principaux qui composent le S.H.I.E.L.D.